Sejak terbentuknya kota Bau-bau sebagai daerah otonom pada tahun 2011 berdasarkan Undang-Undang Nomor 13 tahun 2001 tentang pembentukan kota Bau-bau, segala kewenangan terkait urusan wajib dan pemilihan berdasarkan ketentuan perundang-undangan dilaksanakan oleh kepala daerah yang dibantu oleh perundang-undangan dilaksanakan oleh kepala daerah yang dibantu oleh perangkat daerah lainnya. Dinas Penanaman Modal dan PTSP telah resmi dibentuk pada tahun 2003 berdasarkan peraturan daerah Kota Bau-Bau Nomor 3 Tahun 2003 sebagaimana telah diubah dengan peraturan Daerah Kota Bau-Bau Nomor 5 Tahun 2004 tentang Susunan Organisasi dan Tata Kerja Perangkat Daerah Kota Bau-bau, dimana ketika itu dinas Penanaman Modal dan PTSP berstatus kantor dengan nama kantor “Kantor Pelayanan Perizinan Kota Bau-Bau”.

Perkembangan aturan tentang organisasi perangkat daerah menurut adannya penyesuaian terhadap beberapa struktur organisasi didaerah. Dengan ditetapkannya peraturanPemerintah Nomor 41 Tahun 2007 tentang Organisasi Perangkat Daerah, maka Peraturan daerah Kota Bau-Bau tentang Struktur Organisasi Perangkat daerah yang telah ada kemudian dicabut dan dikembalikan kembali dibentuk Peraturan Daerah yang baru dalam rangkat penyesuaian dan atau aturan penataan organisasi perangkat daerah berdasarkan Peraturan Pemerintah Nomor 41 Tahun 2007 tentang Organisasi Perangkat Daerah, pada tahun 2008, nomenklatur “ Kantor Pelayanan Perizinan Kota Baubau” diubah menjadi “Sekretariat Pelayanan Perizinan Terpadu Kota Baubau” berdasarkaan Peraturan Daerah Kota Baubau Nomor 6 Tahun 2008 tentang Struktur Organisasi dan tata kerja Sekretariat Pelayanan Perizinan Terpadu Kota Baubau. 

Perkembangan pembangunan dan dinamika masyarakat khususnya dalam kegiatan usaha demikian pesat serta dalam upaya mengoptimalkan pelayanan perizinan kepada masyarakat maka status Sekretariat Pelayanan Perizinan terpadu ditinggalkan menjadi “badan Pelayanan Perizinan dan Penanaman Modal” berdasarkan Peraturan Daerah Kota Baubau Nomor 3 Tahun 2011 tentang Perubahaan Atas Peraturan Daerah Kota Baubau Nomor 3 tahun 2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja Lembaga Teknis Daerah Kota Baubau. pada tahun 2015 dengan ditetapkannya Peraturan Daerah Kota Baubau Nomor 9 tahun 2015 tentang Perubahan kedua Atas Peraturan daerah Kota Baubau Nomor 3 tahun 2008 tentang organisasi dan tata Kerja Lembaga teknis Daerah, Nomenklatur Bda Pelayanan Perizinan dan Penanman Modal Kota Baubau menjadi “Badan Penanaman Modal dan Pelayanan terpadu Satu Pintu”. Diakhir Tahun 2016 dilakukan penyesuaian atau penataan kembali terhadap organisasi perangkat daerah dengan mengacu pada peraturan Pemerintah Nomor 18 tahun 2016 tentang Perangkat Daerah, Maka Nomenklatur Badan Penanaman  Modal dan PTSP menjadi “Dinas Penanaman Modal dan Pelayanan Terpadu Satu Pintu Kota Baubau” berdasarkan Peraturan Daerah Kota Baubau Nomor 5 Tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah.